物理方法對糖蜜的去除分為膜透析法、濃縮蒸餾法。膜分離法主要原理是色素分子的結構比較復雜，分子體結構比較龐大，通過特定的膜可以將水體中的大分子結構去除。在這個過程中，完全無污染，綠色環保，但是膜只能針對部分色素，并不能去除干凈，膜使用的成本也非常之高，在工業上很難大面積使用膜過濾。具體聯系污水寶或參見http://www.bnynw.com更多相關技術文檔。

    濃縮蒸餾法在工業發酵廢水中應用較廣，其原理主要是對高濃度污水進行物理加熱，濃縮后菌絲體還可以出售，可以抵消部分投入，但是工業上用蒸餾法不僅能耗極大，蒸餾出來的水分中的廢物含量相對較高，而且在加熱過程中污染物在高溫下發生反應，過程中會產生更為復雜的污染物，在后續的處理中形成了一定的負擔，比較如表1。

　　在工業中一般采用幾種方法的結合，考慮到成本以及運營，一般都是采用生化方法，即是酵母廢水在經過生化處理之后，再通過芬頓氧化從而能夠達標。在工業上應用一般是高濃度廢水先經過物理工藝，以降低COD濃度，然后再通過水解酸化和多級厭氧使污水中的有機物得以降低，最后通過高級氧化的工藝對水體中的色素進行氧化，這樣才能使得污水水體達標排放。