MBR工藝運行參數主要有HRT(水力停留時間)、SRT(污泥齡)、DO(溶解氧)、膜通量、溫度和pH，對MBR的運行有著重要影響。HRT是反應器內微生物與污水的平均接觸時間，對系統的處理效果有一定影響。劉鋒平等將MBR與UASB(升流式厭氧污泥床)結合處理油田含油廢水，考察了系統在不同HRT(22.15、24.65、28.51h)下對污染物的去除效果，發現減小HRT對系統中COD、NH3-N及石油烴的去除率無明顯影響，而對揮發酚的去除效果影響較大。此外，研究還發現膜污染的速率與HRT呈負相關。Shariati等利用MSBR(序批式膜反應器)處理模擬煉油廢水，研究表明改變HRT(8、16、24h)，系統對石油烴的去除率總能保持在97%以上且微生物的降解占主導作用。因此，在適當的范圍內調節HRT對MBR系統去除石油烴的效果并不顯著。

　　SRT是微生物在MBR系統內完全更新一次所需要的時間。SRT直接決定系統中微生物年齡的大小，從而影響微生物的活性。在一定條件下，MBR系統中污染物的去除率隨SRT的增加而提高。Kose等利用浸沒式中空纖維膜處理采出水，結果表明改變SRT，系統對COD的去除率影響較小，而延長SRT能夠使油的去除率從60%增至85%，同時烴類化合物的去除率達99%。系統能夠去除大部分C9～C13的輕烴，對C13～C40的烴類也有一定去除效果。DO是保證微生物活性的必要條件。DO濃度過低，系統會處于缺氧狀態，導致好氧微生物大量死亡，影響系統正常運行;DO濃度過高，在一定的條件下對污染物去除效果的提高影響不大。溫度和pH值對微生物的生長、活性污泥的特性有重要影響。具體聯系污水寶或參見http://www.bnynw.com更多相關技術文檔。

　　李繼宏等分別考察了溫度、DO等對MBR系統處理聚驅采油廢水的影響。試驗顯示不同溫度下(15～34℃)，系統對油的平均去除率達92.3%，結果表明適當改變溫度對MBR除油效果影響較小。然而，改變DO濃度1.0～6.0mg/L時，發現出水含油量的去除率先升高后下降且在DO濃度為2.0～4.0mg/L時達到最大。這可能是由于DO過高造成了有機物分解過快，導致微生物缺乏營養，活性下降，從而影響處理效果。而過低的DO不能滿足微生物的好氧需求，也會影響系統的處理效果。