1沉淀法：沉淀法是指在廢水處理時通過加入某些能夠與污染物及有毒物發生反應的化學物質，經沉淀、過濾，最終達到凈化的目的。不同于吸附法，該過程有化學反應，屬于化學法。王莘淇使用磷酸銨鎂沉淀法處理廢水，發現在最適的pH條件下，PO43-去除率達90%，NH4+去除率達15%，當加入晶種后可以提升約20%的去除率。此法成本低，卻引入新物質，添加量過大會造成二次污染。

　　2高級氧化法：高級氧化法是一種利用一些活性極強的自由基降解有機污染物，使其轉換成易降解的小分子，甚至完全氧化成CO2和H2O的一種環保的處理方法。由于優良的處理效果，目前已受到國內外研究人員的青睞。目前，Fenton法主要包括超聲波Fenton法、電Fenton法、光Fenton法、微波Fenton法，該法已經被實際應用于生產中，對處理有機廢水有著顯著作用。Badawy等考查了Fenton和生物聯合工藝處理BOD/COD為0.25~0.30的制藥廢水，朱榮淑等考查了采用Fenton預處理廢水，廢水中除了吡啶的去除率(約53.3%)較低以外，其它各組分如CH2Cl2、四氫呋喃、DMF、硝基苯、鄰甲苯胺的去除率都在92%以上。具體聯系污水寶或參見http://www.bnynw.com更多相關技術文檔。

　　高級的氧化方法中一種常見方法是臭氧氧化法，基于臭氧自身很強的氧化性能，將制藥廢水中的一些有機分子、發色基團氧化成小分子化合物或直接氧化為CO2和H2O，且大多數的細菌被除去，達到廢水處理的目的。此法較環保，且一般不會污染環境，可生化性也大幅度提高，因此臭氧氧化法及其聯合技術在廢水中被廣泛采用。王少俊等采用Fe/C預處理+生化+臭氧生物炭的組合工藝處理高濃度維生素B2生產廢水，經處理后的廢水已達到《污水綜合排放標準》(GB8978-1996)排放要求。